Здравствуйте, Игорь!
Наличие другого жилья не будет препятствие стать участником военной ипотеки. Все условия участия описаны в законе «О НАКОПИТЕЛЬНО-ИПОТЕЧНОЙ СИСТЕМЕ ЖИЛИЩНОГООБЕСПЕЧЕНИЯ ВОЕННОСЛУЖАЩИХ»
Сам закон http://rosvoenipoteka.ru/temp/1381896520d_file.pdf
При этом если вы прослужите до следующих основания для увольнения, вам не нужно будет возвращать полученные денежные средства государству.
Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника
Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:
1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более;(п. 1 в ред. Федерального закона от 04.12.2007 N 324-ФЗ)2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:
а) по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;
б) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;(пп. «б» в ред. Федерального закона от 04.12.2007 N 324-ФЗ)
в) в связи с организационно-штатными мероприятиями; г) по семейным обстоятельствам, предусмотренным законодательством Российской Федерации о воинской обязанности и военной службе;
3) исключение участника накопительно-ипотечной системы из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;
4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.(п. 4 введен Федеральным законом от 04.12.2007 N 324-ФЗ)