44 ФЗ в новой редакции

Здравствуйте, Алексей Сергеевич.

Вы судя по всему говорите о статье 449 ГК РФ, в соответствии с которой 

1. Торги, проведенные с нарушением правил, установленных законом, могут быть признаны судом недействительными по иску заинтересованного лица. 

2. Признание торгов недействительными влечет недействительность договора, заключенного с лицом, выигравшим торги.

но это основание на тот случай когда контракт уже заключен и Вы обращаетесь в суд.

 На сколько я понял из вопроса, аукцион уже прошел и по нему подведены итоги.

В Вашем случае важно подавали ли Вы заявку на участие в аукционе. При чем даже в случае, если подавали, не дает никаких гарантий, так как правильно было бы обжаловать положения документации в части срока окончания подачи заявок,

однако подача такой жалобы допускается до момента истечения срока подачи заявок на участие. 

Тем не менее Вы можете подать жалобу на необоснованный недопуск Вашей заявки или отклонение ее по вторым частям, такая жалоба может быть подана в течение 10 дней с даты публикации протокола, но не позднее даты заключения контракта.

Не видя документации сказать трудно, но думаю вероятность признания Вашей жалобы обоснованной не очень высока.