Александра, здравствуйте. Раз обе квартиры уже разделены по 1/2, у вас с бывшим мужем обычная долевая собственность. Вашу договорённость оформляют договором мены долей (ст. 567 ГК): он передаёт вам свою 1/2 в одной квартире, вы ему свою 1/2 в другой. Соглашение о разделе по ст. 38 СК тут уже не подходит, раздел у вас был.
Договор мены обязательно заверяется у нотариуса: сделки по отчуждению долей в недвижимости требуют нотариальной формы (ч. 1.1 ст. 42 закона о госрегистрации недвижимости). Нотариус сам подаст документы в Росреестр.
Главная сложность в ипотеке. Заложенную квартиру можно отчуждать только с согласия банка, если договор об ипотеке не говорит иное (п. 1 ст. 37 закона об ипотеке). Заёмщиком при этом останется бывший муж, пока банк не согласится перевести кредит на вас.
Что сделать:
— запросите в банке письменное согласие на мену доли и спросите, готов ли он переоформить остаток долга на вас;
— если банк откажет в смене заёмщика, а остаток небольшой, бывает проще его погасить, снять обременение и уже потом идти к нотариусу;
— в договоре мены пропишите, кто платит ипотеку до погашения и как учитываются ваши уже внесённые платежи.
Если хотите, помогу с условиями договора, напишите мне в личные сообщения здесь, на сайте.