Уважаемая Ольга!
1) Согласно ст. 392 ТК РФ, работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.
Как следует из вопроса, ошибка обнаружена некими проверяющими, не соглашусь, что данный срок пропущен работодателем.
2) Исходя из вопроса, Вам излишне выплачена заработная плата из-за неправильного применения трудового законодательства или иных нормативных правовых актов (счётная ошибка отсутствует).
Согласно ст. 137 ТК РФ, в этом случае излишне выплаченная заработная плата не может быть взыскана с работника:
Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:
счетной ошибки;
если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);
если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.
Таким образом, ст. 137 ТК РФ прямо запрещает взыскание излишне выплаченной зарплаты в рассматриваемом случае. Можете ничего не выплачивать. Если дело дойдёт до суда, сошлитесь на вышеприведённые аргументы.
Согласен с Константином. На срок то и не посмотрел.
Отмалчивайтесь пока, если что- в суде сошлитесь на пропуск срока исковой давности.