Лишает ли данная формулировка в контракте бойца выплат от МО?

Без текста самой формулировки сказать точно нельзя, но нужно понимать сам принцип - права военнослужащего на выплаты от МО определяются законом (ФЗ №306 и ФЗ «О статусе военнослужащих»), а не текстом контракта. Контракт может конкретизировать условия службы (срок, подразделение, характер задач), но не может лишить бойца законных выплат - это будет прямое нарушение обязательных норм.

Часто в такие пункты закладывают формулировки типа "без указания зоны боевых действий" или "выполнение задач вне районов вооружённого конфликта" - вот они реально влияют на право на боевые надбавки (коэффициент 1,5 по ПП РФ №1071) и на статус ветерана боевых действий. Но это устанавливается не самой формулировкой контракта, а фактическим приказом о направлении в зону СВО и участием в боевых задачах - контракт тут вторичен.

Так что смотреть надо не столько на формулировку, сколько на то, что реально написано в приказах о зачислении и направлении, и как оформлено фактическое участие. Пришлите пункт, о котором Вы говорите - скажу точно, о чём речь и есть ли риск.