Надбавка за звание «народный» присваивается коллективу, а не конкретному работнику - если оба Ваших коллектива имеют этот статус, то по логике Положения об оплате труда надбавка должна начисляться за руководство каждым из них отдельно, ст. 135 ТК РФ обязывает работодателя применять условия оплаты труда, установленные локальным актом, без произвольных исключений.
Здесь два разных вопроса, которые важно не путать. Первый - собственно надбавка за звание "народный" (обычно фиксированный процент к окладу или ставке за факт руководства коллективом со статусом). Второй - Ваша работа концертмейстером во втором коллективе, это, скорее, не совместительство в смысле ст. 287 ТК РФ, а дополнительная трудовая функция в рамках той же должности, за которую полагается отдельная доплата по ст. 151 ТК РФ - совмещение профессий (должностей) оплачивается дополнительно, размер устанавливается соглашением сторон.
Ключевой момент: без Положения об оплате труда и без документа о присвоении звания "народный" второму коллективу однозначно сказать, нарушены ли Ваши права, нельзя. Если в приказе Департамента культуры или в ЛНА учреждения написано, что надбавка полагается "за руководство народным коллективом" без ограничения количеством, - у Вас есть основание требовать доплаты за оба коллектива. Если же в акте написано "надбавка устанавливается работнику" (а не "за коллектив"), позиция слабее и придётся доказывать дискриминацию по объёму фактически выполняемой работы.