Право дочери на выплаты сохраняется - оно возникает из факта родства с погибшим отцом на момент его смерти, а не из наличия у отца родительских прав. Лишение родительских прав прекращает права и обязанности между родителем и ребёнком в отношении друг друга (ст. 71 СК РФ), но не лишает саму девочку статуса ребёнка погибшего военнослужащего для целей социальных выплат по ФЗ № 306 - там основанием является родство, а не наличие прав у умершего родителя.
Отдельный момент - удочерение. Если девочку удочерили другие люди, юридически она стала для них "родной" дочерью, а связь с биологическим отцом по закону прекращается (ст. 137 СК РФ). Здесь всё зависит от того, когда произошло удочерение - до гибели отца или после, и оформлено ли оно как полное усыновление с прекращением всех правовых связей с биологическими родителями. Это ключевой вопрос, который решает всё: сохранилось ли у неё право на выплаты вообще, или оно перешло полностью в семью усыновителей и на биологического отца уже не завязано.
Второй нюанс - даже если право есть, получателем и распорядителем денег будет не биологическая мать (она сама лишена прав), а усыновители как законные представители, деньги пойдут на счёт, открытый на имя ребёнка.