Здравствуйте.
Требование справки о принятии гражданства при замене паспорта в 45 лет - это стандартная процедура МВД, когда в электронной базе нет сведений об основании, по которому человек стал гражданином РФ. Такое часто бывает у тех, кто переехал в Россию из других республик бывшего СССР в 90-е и получал первый паспорт до того, как заработала единая база данных МВД (условно до 2002-2004 годов) - данные из бумажных дел паспортных столов той эпохи не всегда переносились в систему.
Важный момент в Вашу пользу: раз сын позже прошёл службу в армии, значит на момент призыва гражданство у него официально уже было - призывают только граждан РФ, это прямо предусмотрено законом о воинской обязанности. То есть проблема сейчас не в том, что гражданства нет, а в том, что его основание не отражено в текущей базе МВД, и паспортный стол просит документально это восстановить.
Но есть нюанс: если архивные документы из паспортного стола 90-х не сохранились (а часть архивов в регионах утрачена или передана без описи), просто "принести справку" может не получиться - придётся официально обращаться за заключением о принадлежности к гражданству, а в отдельных случаях устанавливать факт через суд. Порядок обращения в МВД по этому вопросу регулируется ФЗ № 138-ФЗ от 28.04.2023 (ст. 32) - заявление подаётся лично по месту жительства.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.