Здравствуйте.
Соглашение о разделе наследственного имущества - и есть правильный инструмент здесь, именно для такого случая существует ст. 1165 ГК РФ. Она прямо разрешает наследникам распределить имущество не так, как указано в свидетельствах (по 1/2 каждой квартиры каждому), а закрепить за одним - одну квартиру целиком, за другим - вторую. И несоответствие такого раздела долям из свидетельства само по себе не будет причиной отказа в регистрации в Росреестре.
Суд и ожидание 6 месяцев здесь ни при чём - иск нужен только когда есть спор, который сами наследники не могут урегулировать. Если с братом договорённость есть, обращение в суд лишь затянет всё на месяцы. Переуступка детям - вообще отдельная история, юридически это будет дарение уже вашей личной собственности, и провести это можно только после того, как право на квартиру целиком зарегистрировано за вами, не раньше.
Ключевой нюанс, который часто упускают: если квартиры неравноценны по стоимости, простое "ты берёшь одну, я вторую" может создать почву для спора в будущем - брат (или вы) вправе потребовать компенсацию разницы по ст. 1170 ГК РФ, если это прямо не урегулировано в самом соглашении. Ещё момент - от момента, когда заключается соглашение (до получения свидетельств или после), зависит, насколько свободно можно отступать от долей.
