Здравствуйте! Нет, не может, если решение суда вступило в законную силу и сформулировано корректно. Ситуация, когда ЗАГС «взял заявление на рассмотрение», обычно означает, что сотрудник не нашел явных оснований для отказа на месте, но хочет подстраховаться и перепроверить документы у руководства или юриста. Отказ здесь был бы незаконен.
Вступившее в силу решение суда обязательно для всех органов, включая ЗАГС (ст. 13 ГПК РФ). Основанием для регистрации изменения имени (а отчество — часть имени) является именно решение суда, а не желание ЗАГСа (ст. 58 Федерального закона «Об актах гражданского состояния»).
С уважением, Юрист Макарян Карен Левонович.