Короткий ответ: да, присутствие отца обязательно, если он хочет сохранить право на долю в квартире.
При покупке жилья с использованием маткапитала родители обязаны выделить доли всем детям и супругам. Если вы в разводе, отец формально перестал быть членом вашей семьи. Однако маткапитал — это ваша именная мера, и вы не обязана выделять долю бывшему мужу, если он не является отцом всех ваших детей. Поэтому его участие может понадобиться только для отказа от его права на долю.
В вашей ситуации обязательное нотариальное удостоверение сделки требуется из-за наличия несовершеннолетнего в числе продавцов. Присутствие самого отца при этом не требуется, если он не является стороной сделки (не продает и не покупает недвижимость).
Важно: если бывший муж не согласен на выделение доли в квартире, это не препятствие для покупки. Но если вы планируете использовать жилье как общее с отцом (например, если он будет там жить), то его подпись в договоре дарения доли детям (обязательное условие при использовании маткапитала) необходима. Если вы не включаете отца в число собственников — его присутствие не требуется. Удачи.