Где он должен отбывать назначенное наказание?

Согласно ч. 1 ст. 50 УК РФ и ч. 1 ст. 39 УИК РФ, исправительные работы назначаются осуждённому, имеющему основное место работы, а равно не имеющему его. Таким образом, сам факт того, что человек является индивидуальным предпринимателем, не исключает возможности назначения ему исправительных работ. Однако важно учитывать характер деятельности и статус осуждённого. 

Предпринимательская деятельность не является работой по трудовому договору, а предприниматель не является в отношении себя работодателем. Это следует из ст. 23 ГК РФ. Поэтому отбывать исправительные работы в своём ИП осуждённый не может.

Если на момент вынесения приговора у предпринимателя не было официального трудоустройства по трудовому договору, суд вправе назначить исправительные работы, но место их отбывания будет определяться органами местного самоуправления по согласованию с уголовно-исполнительными инспекциями. 

Таким образом, суд поступил правомерно, если при назначении наказания учитывал отсутствие у предпринимателя основного места работы по трудовому договору.