Кто и как должен вести табель учета рабочего времени?

Вариант 1: Если сотрудник переведен временно (не оформлено)
Если приказа о переводе или командировке нет, то с точки зрения закона сотрудник числится в отделе в Подмосковье. Его фактическое нахождение в Головном офисе в Москве является нарушением трудовой дисциплины и правил внутреннего трудового распорядка.

Кто ведет табель:
Табель должен вести сотрудник, назначенный ответственным за табельный учет в том отделе (Подмосковье), где работник оформлен по трудовому договору.

Как вести:
Если работодатель (руководитель подмосковного отдела) знает, что сотрудник фактически не выходит на работу по месту своего оформления, но выполняет функции в другом месте, варианты ведения табера следующие:

«Неявка по невыясненным причинам» (код «НН» или «30») — пока работник не предоставит объяснения или приказ, ставить «явки» (Я) по месту оформления, когда человека там нет, является прямым искажением учета и финансовым злоупотреблением (оплата неотработанного времени).
Если руководитель подмосковного отдела дает добро на такую работу, но документально это не оформлено, он идет на риск, ставя в табеле «Я» (явка) для сотрудника, которого физически не видит.
Вариант 2: Оформление внутреннего командирования
Если Головной офис (Москва) и отдел (Подмосковье) являются структурными подразделениями одного и того же юридического лица, фактическую работу сотрудника в другом месте можно (и нужно) оформить как служебную командировку.

Кто ведет табель:
Согласно указаниям по заполнению табеля (Постановление Госкомстата №1 или самостоятельно разработанная форма), отметки в табеле проставляет то подразделение, куда работник командирован, на основании оформленного приказа о командировке и командировочного удостоверения (если оно ведется).

Как вести:
В табеле учета рабочего времени по месту постоянной работы (Подмосковье) дни командировки отмечаются кодом «К» (или «06» — служебная командировка). Оплата производится по среднему заработку.
В табеле принимающего подразделения (Головной офис) этот сотрудник не фигурирует, так как он не переведен туда штатно, а лишь направлен для выполнения задания.

Вариант 3: Внутреннее совместительство или перевод
Если работа в Головном офисе носит постоянный характер, отсутствие документов делает эту ситуацию незаконной.

Рекомендуемое решение:
Чтобы избежать претензий со стороны Государственной инспекции труда (нарушение ст. 57, 72, 72.1 ТК РФ — рабочее место не соответствует трудовому договору) и налоговой (искажение учета рабочего времени и затрат), необходимо оформить отношения одним из способов:

Заключить дополнительное соглашение к трудовому договору, изменив структурное подразделение и место работы на «Головной офис в Москве». Тогда табель будет вести ответственное лицо в Москве.
Оформить приказ о внутренней командировке (если работа в Москве носит временный характер, до 1 года). Тогда табель ведет подразделение в Подмосковье с проставлением кода «К», а фактический контроль за рабочим временем осуществляет принимающая сторона, передавая данные о явке/неявке в подразделение, где сотрудник состоит в штате.
Резюме по вашему вопросу
Пока нет документов (приказа о командировке или допсоглашения о переводе):

Табельщик подразделения в Подмосковье несет ответственность за ведение табеля.
Ставить в табеле «явку» (Я), если сотрудник фактически находится в другом месте, нельзя. Это может быть квалифицировано как внесение заведомо ложных сведений в учетные документы, что влечет за собой риски:

для компании — штраф по ст. 15.11 КоАП РФ (искажение отчетности) до 10 000 руб. на должностное лицо;
для руководителя и табельщика — дисциплинарная ответственность и материальная (если будет необоснованно выплачена зарплата).
Вам необходимо срочно:

Определиться с юристами/кадровой службой, какой из вариантов (командировка или перевод) применяется.
Оформить его документально (приказ, доп. соглашение).
До момента оформления документов зафиксировать в табеле по месту оформления (Подмосковье) неявку с кодом «НН» (до выяснения обстоятельств), чтобы у руководства был стимул легализовать ситуацию.

Добрый день. По ст. 91 ТК РФ табель ведет работодатель там, где вы трудитесь. Но работа в Москве без приказа (ст. 72.1 ТК РФ) — нарушение.
Я дал вам базовый ответ по вашей ситуации, для более точного нужны:
Ваш договор (проверить место работы)?
Ваша ситуация требует более глубокого анализа и проработки ваших материалов. Я могу детально изучить её с учетом ваших материалов, однако такая консультация предоставляется на платной основе.
лучше ответы на уточняющие вопросы присылать мне в чат (Общаться в чате) или по ссылке:
https://pravoved.ru/lawyer/4406978/