Здравствуйте.
Да, излишне уплаченную сумму за патент можно либо вернуть, либо зачесть.
Если вы оплатили 13 месяцев вместо 12, один месяц считается переплатой. По НК РФ вы вправе:
1. подать заявление о возврате переплаты — деньги перечислят на ваш счёт;
2. подать заявление о зачёте — сумму перенесут в счёт оплаты нового патента или других налогов.
Заявление подаётся в налоговую через личный кабинет ИП, по ТКС либо лично. Срок обращения — 3 года со дня уплаты. Возврат производится в течение месяца после принятия решения.
На практике налоговая чаще делает зачёт — это быстрее и проще.