Прожила с сожителем 3 года, он подписал контракт и ушёл на СВО, остались двое его детей

Добрый день.

не оформлена, она ещё оформлена на его отца

 уточните, отец сожителя жив?

ГК РФ Статья 1142. Наследники первой очереди
2. Внуки наследодателя и их потомки наследуют по праву представления.

Внуки наследуют по праву представление.

То есть, вместо отца

Вы ничего не можете сделать с квартирой, так как собственником является отец вашего сожителя.

Дед препятствует их проживанию в ней?

Добрый день. Она в собственности отца?

Или  это социальный найм?

квартира на сожителя не оформлена, она ещё оформлена на его отца,

Добрый вечер! Квартира в собственности от отца сожителя? Или он наниматель по договору соц.найма?

Если на момент смерти отца сожителя он был зарегистрирован в квартире или проживал в ней (даже без регистрации), он фактически принял наследство (п. 2 ст. 1153 ГК РФ, Постановление Пленума ВС РФ № 9 от 29.05.2012). В таком случае право собственности на долю в квартире возникло у него со дня открытия наследства (ст. 1152 ГК РФ), даже если регистрация не оформлена.

 
Поскольку сожитель признан безвестно отсутствующим, принудительное выселение невозможно — ни муниципалитет, ни третьи лица не могут распоряжаться имуществом до признания его погибшим. После признания сожителя умершим дети как наследники первой очереди (ст. 1142 ГК РФ) смогут принять наследство — в том числе и эту квартиру, при условии, что отец (наследодатель) не оставил завещания.

 
Если же никто не принял наследство после смерти отца, оно станет выморочным (ст. 1151 ГК РФ) и перейдёт в собственность муниципалитета — но это исключено, если сожитель фактически вступил во владение (оплачивал ЖКУ, проживал).

 
Рекомендация: соберите доказательства фактического принятия наследства сожителем (квитанции, показания свидетелей). После признания его погибшим подайте в суд заявление об установлении факта принятия наследства — это позволит детям унаследовать квартиру. Пока статус «без вести пропавший» — выселить вас не могут.