Отец гражданин Казахстана, у которого просрочен паспорт РК уже лет пять, на сегодняшний день, по сути

Основная проблема: для продажи квартиры, купленной матерью в браке, требуется нотариальное согласие её мужа (вашего отца). Без этого согласия нотариус не завершит сделку.

Решение — единственное законное:
Отцу необходимо получить действующий паспорт гражданина Республики Казахстан. Просроченный документ для нотариуса не подходит.

Как это сделать:

Ваш отец должен обратиться в Консульство или Посольство Казахстана в России.
Подать заявление на выдачу нового паспорта взамен просроченного. Для этого понадобится старый паспорт (или справка об утере), свидетельство о рождении и фотографии.
Срок изготовления нового паспорта через консульство обычно составляет от одного до трёх месяцев.
Что делать после:
Как только паспорт будет готов, отец сможет подписать у нотариуса необходимое согласие на продажу доли в общем имуществе супругов. После этого продажа квартиры со всеми собственниками станет возможна.

Важный момент:
Получив новый паспорт, отцу следует сразу же заняться легализацией своего пребывания в РФ (оформить РВП/ВНЖ или выехать), чтобы избежать проблем с миграционным законодательством.

Итог: Вся процедура упирается в получение нового паспорта отца. Других законных способов оформить сделку в вашей ситуации не существует.