Добрый день, Александр!
Согласно п. 1 ст. 10 Федерального закона от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», граждане обязаны состоять на воинском учете по месту жительства (постоянная регистрация) или по месту пребывания (временная регистрация).
В вашем случае, поскольку временная регистрация закончилась, вы должны встать на воинский учет по месту постоянной регистрации (прописки). Это требование закона, и сотрудники военкомата, направившие вас в военкомат по месту постоянной прописки, действуют правомерно.
Для постановки на воинский учет по месту временного пребывания (там, откуда вы призывались) вам необходимо сначала оформить новую временную регистрацию в этом населенном пункте. Только после получения временной регистрации вы сможете встать на воинский учет в том же военкомате, откуда призывались.
Согласно п. 53 Положения о воинском учете (утв. Постановлением Правительства РФ от 27.11.2006 № 719), при изменении места жительства гражданин обязан в двухнедельный срок прибыть в военный комиссариат по новому месту жительства для постановки на воинский учет.
Удачи в делах!