В части говорят, что отпуск не положен после санатория

 С большой долей вероятности отпуск вам положен, и отказ командира части является неправомерным. Заключение Военно-врачебной комиссии (ВВК) имеет первостепенное значение.

ВВК — это высший орган, который оценивает состояние здоровья военнослужащего и определяет медицинские показания, необходимые для его восстановления. Предписание об отпуске по окончании лечения — это одна из таких реабилитационных мер.
Командир части обязан выполнить заключение ВВК. Его функция — организовать выполнение предписаний медицинских органов, а не оспаривать их. Отказ предоставить отпуск, предписанный ВВК, является нарушением ваших прав.
Фраза в части «отпуск не положен после санатория» не соответствует действительности. Как раз наоборот — после стационарного лечения и санаторно-курортной реабилитации отпуск часто является завершающим этапом медицинской реабилитации для полного восстановления перед возвращению к службе.

Подайте Рапорт на Имя Командира Части. В рапорте сошлитесь на заключение ВВК, где указана рекомендация на отпуск. Укажите, что отказ в предоставлении отпуска лишает вас возможности пройти необходимую реабилитацию, что может негативно сказаться на вашем здоровье и, как следствие, на выполнении ваших служебных обязанностей в будущем. Потребуйте предоставить вам отпуск в соответствии с заключением ВВК.

Если командир части  проигнорирует ваш рапорт, следующей инстанцией является военная прокуратура гарнизона (или более высокого уровня). Напишите заявление, в котором подробно изложите ситуацию: когда получили ранение, прошли лечение в госпитале и санатории, приложите копию заключения ВВК. Прокуратура проведет проверку по факту нарушения ваших прав.