Здравствуйте!
Ситуация, которую вы описали, довольно частая, и в ней есть несколько нюансов.
Во время рассмотрения заявления на ВНЖ иностранный гражданин может выезжать из России, поскольку сам факт подачи документов не ограничивает его право на выезд. Однако если речь идёт о первичном ВНЖ, то до его получения оснований для длительного пребывания в РФ у человека, по сути, нет — действует общий режим 90 дней в течение 180, если нет визы или патента.
Поэтому если иностранец уже пробыл в России 90 дней в этом году, а ВНЖ ещё не выдан, то возвращаясь обратно, он должен иметь законное основание для въезда — например, новую визу (если он визовый), либо должен убедиться, что с момента первого въезда прошло достаточно времени, чтобы начался новый 180-дневный период (если безвизовый).
Если он въедет раньше, чем появится новое разрешение на пребывание, его могут не впустить или при проверке выявят нарушение сроков пребывания. После получения ВНЖ, конечно, пребывание уже будет неограниченным.
Так что сам выезд — не нарушение, но важно следить, чтобы при повторном въезде не выйти за пределы допустимого срока нахождения в РФ до момента получения ВНЖ.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.