Можно ли подать на юр лицо один иск к нескольким филиалам по взысканию задолженности за неуплату?

Доброй ночи.

В силу п. 3 ч. 2 ст. 131 ГПК РФ, иск в отношении организации должен содержать — наименование, адрес, идентификационный номер налогоплательщика и основной государственный регистрационный номер. В случае, если истцу неизвестны дата и место рождения ответчика, один из идентификаторов ответчика, об этом указывается в исковом заявлении и такая информация по запросу суда предоставляется органами Фонда пенсионного и социального страхования Российской Федерации, и (или) налоговыми органами, и (или) органами внутренних дел. 

Иск подается по месту регистрации того филиала юридического лица, к которому у Вас имеются требования. К остальным подавать не надо.