Мне в миграционной службе заменили паспорт по возрасту(20лет исполнилось), и там не стоит отметка о выписке, но у меня сейчас временная регистрация, так и должно быть?

Здравствуйте!

Нет, это не должно быть так. При замене паспорта в документе проставляются все необходимые отметки, в том числе и о регистрации по месту жительства. 

Если при замене паспорта не был поставлен штамп о прописке и выписке, можно обратиться в орган Росреестра для внесения изменений в государственный реестр населения. Для этого нужно предоставить документы, подтверждающие факт прописки и выписки, а также паспорт, в котором необходимо внести указанные изменения.