Если он останестя сейчас, сможет ли он потом уволиться?

Здравствуйте. Примите самые искренние слова поддержки в связи с произошедшим.

Да, он сможет уволиться потом. Заключение нового контракта не означает пожизненной службы. Однако решение о том, увольняться сейчас или позже, является стратегическим и зависит от целей и приоритетов.

Вариант 1: Уволиться сейчас (сразу после получения категории «Д») Это прямое и окончательное решение.

Плюсы: 

Максимальные единовременные выплаты. При увольнении по состоянию здоровья (п. «в» ст. 51 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе») он получит:

Единовременное пособие в размере 7 окладов денежного содержания (при выслуге менее 20 лет) или 20 окладов (при выслуге более 20 лет).Компенсацию за неиспользованный отпуск.Военную пенсию по инвалидности. Размер зависит от процента утраты трудоспособности (устанавливается МСЭ), оклада и выслуги лет.Все полагающиеся ему страховые выплаты и выплаты по линии Минобороны как получившему ранение.
Свобода выбора. Он сможет немедленно сосредоточиться на реабилитации, здоровье и построении новой, гражданской карьеры без каких-либо обязательств перед армией.
Получение жилья. Если он состоял на учете как нуждающийся в жилье, увольнение является основанием для получения жилищной субсидии или жилья от Минобороны.
Минусы:

Мгновенный переход к гражданской жизни без «буферного» периода, что может быть психологически сложно.
Необходимость сразу искать новую работу и адаптироваться к новой реальности.

Вариант 2: Остаться служить сейчас и уволиться позже
Это путь постепенного перехода.

Плюсы:

Постепенная адаптация. Он останется в привычной среде, в коллективе, что может помочь психологически справиться с последствиями травмы.
Стабильный доход на период реабилитации. Он будет продолжать получать денежное довольствие, пока его здоровье стабилизируется и он будет строить планы на будущее.
Увеличение выслуги лет.

Это напрямую увеличит размер его будущей пенсии по инвалидности (т.к. она рассчитывается от оклада) и единовременного пособия при увольнении.
Если он приближается к 20-летнему цензу (или другому, дающему право на пенсию за выслугу), это может быть критически важным.
Социальные гарантии. Он и дальше будет пользоваться всеми льготами и социальным пакетом военнослужащего (медобслуживание, санаторно-курортное лечение и пр.).
Минусы:

Отсрочка получения крупных единовременных выплат. Все выплаты при увольнении он получит позже.
Возможность «застрять». Есть риск привыкнуть к стабильности и отложить переход к гражданской жизни, который все равно неизбежен.