Согласно ст. 20 ФЗ «О гос регистраци прав на недвиж имущ..» основанием для отказа может быть несоответствие формы и содержания документов законодательству РФ.
Существенным условием договора купли-продажи указание на право и основание его приобретения не является, то есть сделка может быть совершена и без указанного условия и является легитимной.
Считаю, что такой отказ следует обжаловать в суд, тем более, если нет иной возможности изменить соглашение.
По поводу доверенности — если там указано, что представитель вправе исправлять ошибки в документах, то сама фраза «исправление» означает, что такое лицо вправе изменять содержание договора от имени представляемого лица (доверителя), в том числе подписывать дополнительные соглашения, так как изменить сделку можно только посредством подписания документов, выделение отдельным правомочием «подписание документа» считаю не влияющим на такое право.
Для полоумных регистраторов можно составить дополнительное соглашение, озаглавив его к примеру «дополнительное соглашение об исправлении ошибки в ранее заключенном договоре к-п №… от… и указать, что стороны решили удалить фразу »..." в таком то абзаце такого то пункта." Думаю, что это самый лучший примерительный способ протолкнуть договор без судебного разбирательства.