Здравствуйте!
В этом случае Вы утрачиваете право на отсрочку в связи с тем, что общий срок обучения в ВУЗе увеличивается на срок более, чем 1 год (ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»).
Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином:
получившим во время освоения образовательной программы академический отпуск… Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, предусмотренным настоящим абзацем, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации… не увеличивается или увеличивается не более чем на один год;
Если бы Вы были зачислены на 4 курс, то у Вас было бы право на сохранение отсрочки от прохождения военной службы.
При этом, не до конца понятно, по каким причинам Вас зачисляют на начало третьего курса с учетом, что программа обучения за 3 курс у Вас пройдена. Поэтому, в Вашем случае необходимо разбираться больше не с военкоматом, а с ВУЗом, принявшим решение о зачислении на 3 курс, а не на 4.
Если разрешить ситуацию не получится, то ВУЗ направит данные об утрате права на отсрочку в военкомат и Вы будете призваны на военную службу на общих основаниях.
Тут дело не в том, сколько Вы были в академическом отпуске, а сколько Вам еще останется учиться после его завершения.
Если срок обучения увеличился более чем на 1 год — то право на отсрочку у Вас утрачено.