Был лишен ву, в 2009 году, сдал, отгулял, закончился срок лишения и срок прав, получил новые в 2012 году, снова

В базе ГИБДД до сих пор висит отметка о том, что вы якобы лишены ВУ.
Чтобы выдать новые права, инспектор должен убедиться, что лишение реально отбыто (и что исполнительный документ суда закрыт).
Если не удаётся сразу найти постановление суда (вы не помните какой суд, а база его не подтягивает) — они «замораживают» выдачу, пока не выяснят.
 Законно ли это?
Да, ГИБДД обязаны проверить законность выдачи нового ВУ. Если у них в базе висит «лишение» без отметки об окончании, они формально не могут просто выдать права.
Но законно ли вас держать без ответа неделями — нет. У них есть сроки рассмотрения обращений:

30 дней по Закону № 59-ФЗ «О порядке рассмотрения обращений граждан».
 Что можно сделать, чтобы ускорить
Позвонить/съездить в то подразделение ГИБДД, куда вы писали заявление, и уточнить ФИО исполнителя, кто рассматривает.
Подать через Госуслуги заявление о выдаче ВУ — тогда будет формальная регистрация обращения, и они обязаны дать ответ в срок.
Направить запрос в судебный участок мирового суда по месту лишения (если помните хотя бы город/район) — там должны найти архивное постановление.
Если ГИБДД не отвечает — жалоба в прокуратуру и/или в региональное управление ГИБДД (это сильно ускоряет).
Рекомендация
Чтобы не зависеть от их «ищем — не ищем», можно самому:

Написать в районный/городской суд (по месту прописки в 2009 году) запрос: «Прошу предоставить копию постановления суда о лишении права управления транспортными средствами в 2009 году».
С этим документом идти в ГИБДД — вопрос решится гораздо быстрее.