Ксения, здравствуйте.
Отцом ребенка будет указан в свидетельстве о рождении Ваш муж, с которым, хоть Вы давно и не живете, но брак с которым не расторгнут. — по данному поводу см.п.2 ст.48 СК РФ
2. Если ребенок родился от лиц, состоящих в браке между собой, а также в течение трехсот дней с момента расторжения брака, признания его недействительным или с момента смерти супруга матери ребенка, отцом ребенка признается супруг (бывший супруг) матери, если не доказано иное (статья 52 настоящего Кодекса). Отцовство супруга матери ребенка удостоверяется записью об их браке.
Аналогичные положения в п.2ст.17 ФЗ Об актах гражданского состояния.
Для внесения записи о биологическом фактическом отце потребуется обращение в суд с иском об оспаривании отцовства, его установлении. Иск можете подать Вы сами, Ваш почти уже бывший муж, а также фактический отец.
По совместному заявлению с фактическим отцом зарегистрировать его как отца Вы не сможете. Только судебный порядок в такой ситуации возможен.
С уважением
Здравствуйте.
В соответствии со ст.51 СК РФ Вам надо написать совместное заявление от родителей.
В соответствии со ст.48 ч.2 СК РФ
Вам надо написать совместное заявление от родителей ребенка, и от супруга, если еще на развелись.
Если супруг (бывший или не бывший) против, то надо устанавливать отцовство в судебном порядке.