Как исправить запись об отцовстве для оформления выплат пропавшего на СВО?

Но по факту мы его не когда и не видили, он отец старшей сестры и не некогда не с кем не подерживал связь.

Если у Вас все таки есть с ним связь, то да, возможны оба варианта. 

Мне говорили что есть 2 варианта. Либо в натариусе он пишет отказ от выплат либо подавать в суд. 

Но если сведений о нем нет, как указано в Вашем вопросе, то это будет проблематично в части денежного довольствия. 

Если же вопрос в предстоящих выплатах — то да, получить их иным близким родственникам через суд будет возможно. 

Применительно к получению денежного довольствия Вам ничто не мешает также обратиться в суд с требованием об отказе в выплате ДД отцу брата.

Да, в постановлении Правительства РФ от 14 июля 2000 г. № 524 «Об отдельных выплатах военнослужащим и членам их семей» указано, что

2. Денежное довольствие подлежит выплате следующим членам семей военнослужащих:
 родителям в равных долях, если военнослужащие не состоят в браке и не имеют детей.

Но при аналогичной мотивации Вы также может пробовать добиться отказа в его перечислении отцу.

И ссылаться тут можно на то, что военная служба представляет собой особый вид государственной службы, непосредственно связанной с обеспечением обороны страны и безопасности государства и, следовательно, осуществляемой в публичных интересах; лица, несущие такого рода службу, выполняют конституционно значимые функции: военнослужащий принимает на себя бремя неукоснительно, в режиме жесткой военной дисциплины исполнять обязанности военной службы, которые предполагают необходимость выполнения поставленных задач в любых условиях, в том числе сопряженных со значительным риском для жизни и здоровья.

Этим определяется особый правовой статус военнослужащих, проходящих военную службу  по контракту, содержание и характер обязанностей государства по отношению к ним и их обязанностей по отношению к государств обязывает государство гарантировать им материальное обеспечение, на определенных условиях.

И именно исходя из этих условий, стоит учитывать и особые механизмы защиты социальных интересов военнослужащего и членов его семьи.

И при его безвестно отсутствующим при определении круга членов семьи, имеющих право на названные выплаты, Вы полагаете возможным исходить из их  целевого назначения, заключающегося в обеспечении военнослужащего ДД и в  восполнении материальных потерь, связанных с утратой возможности для этих лиц как членов семьи военнослужащего получать от него, в том числе в будущем, соответствующее содержание.