Могут ли свидетеля снять с поезда в ночное время и доставить в отделения полиции

Здравствуйте! Если очень кратко — нет.
А теперь более подробно. Поскольку в ситуации Вы не изложили подробности, исхожу из предположения, как могут развиваться ситуации.
Первый вариант: Вы ехали в поезде и стали очевидцем преступления. В таком случае Вас никто не имеет права высадить из поезда. могут взять анкетные данные и в дальнейшем вызвать в следственный орган.
Вторая ситуация: Вы ехали в поезде и стали не просто очевидцем. а участником событий, содержащих признаки преступления. В таком случае возможно доставление в отдела полиции со снятием с поезда для проведения разбирательства.
Вариант третий: Вы уклоняетесь от явки в органы следствия или суд и в отношении Вас вынесено постановление о приводе (статья 113 УПК РФ). Привод – это предусмотренная законом мера уголовно-процессуального принуждения, направленная на обеспечение доставления не являющегося без уважительных причин по вызову участника уголовного судопроизводства в назначенное время и место к дознавателю, следователю, судье или в суд.  

Приводу подвергаются только те участники процесса, чье личное присутствие в процессе незаменимо и для которых это прямо предусмотрено законом.

Привод производится судебными приставами на основании постановления суда, а органами дознания – на основании постановления следователя или дознавателя. Определение суда или постановление следователя, дознавателя о приводе перед его исполнением объявляется лицу, которое подвергается приводу.
В этом случае снятие с поезда возможно, но очень маловероятно, поскольку привод осуществляется с места проживания и данные о приводе не заносятся в какую-то электронную базу, а пристав не будет гнаться за Вами и снимать Вас с поезда в ночное время