Могу ли я на нее рассчитывать при дальнейшей учебе, планирую поступать на магистратуру

летом я забрал документы и поступил также в КФУ только в другом городе на 1 курс, 2019 привозил в военкомат справку об обучении.

 Если справку Вы представили сразу после поступления в КФУ после школы (при первом Вашем поступлении), то на ее основании в отношении Вас должны были принять решение о предоставлении отсрочки от призыва.

Согласно постановления Правительства РФ от 11.11.2006 N 663 «Об утверждении Положения о призыве на военную службу граждан Российской Федерации» (в редакции 2019 г.)

17. При наличии оснований, предусмотренных Федеральным законом «О воинской обязанности и военной службе» и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, призывная комиссия выносит решение об освобождении призывника от призыва на военную службу или о предоставлении ему отсрочки от призыва на военную службу.
Такое решение выносится на основании документов, представленных призывником в призывную комиссию, один раз при первоначальном рассмотрении данного вопроса.

Основанием для принятия в отношении Вас решения о предоставлении Вам отсрочки от призыва в тот период времени являлась справка об обучении по установленной форме.

При ее предоставлении в отношении Вас должны были принять решение о предоставлении вам отсрочки.

В случае последующего отчисления и самостоятельного поступления на обучение — отсрочку Вы утратили.

дальше меня отчислили на втором курсе зимой из-за академической задолжности

 Поэтому с указанного момента есть основания полагать, что у Вас уже не было отсрочки от призыва.

Могу ли я на нее рассчитывать при дальнейшей учебе, планирую поступать на магистратуру.

 При завершении обучения на бакалавриате (даже в отсутствие у Вас отсрочки) при поступлении в магистратуру Вы можете рассчитывать на получение отсрочки.

Отсрочку Вам должны будут предоставить при соблюдении следующих условий ст. 24 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»

если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, — в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.

Таким образом, у Вас будет право на получение отсрочки в магистратуре при следующих условия:

— обучение по очной форме обучения

— обучение по программе имеющей государственную аккердитацию

— отсутствие диплома специалиста или магистра

— поступление в магистратуру в год окончания обучения в бакалавриате.

Отсутствие отсрочки по программе бакалавриата не является препятствием для получения отсрочки в магистратуре.