Подскажите, правильно ли я рассуждаю о незаконности отказа в регистрации ТС?

Ваш вопрос касается законности отказа в регистрации ТС из-за несоответствия типа коробки передач (механическая вместо автоматической) указанной в документах комплектации. Разберём ситуацию по пунктам:

 
1. Основания для отказа в регистрации по закону
Согласно ст. 20 Федерального закона № 283-ФЗ, отказ возможен только в строго определённых случаях, например:

Невозможность идентификации ТС из-за изменённой/поддельной маркировки.
Несоответствие конструкции ТС данным в документах, если это препятствует идентификации (например, изменён номер двигателя или кузова).
Отсутствие обязательных документов (ПТС, страховка, оплата госпошлины).
Ключевой момент: В вашем случае отказ основан на несоответствии типа коробки передач (автомат/механика), но:

Если в ПТС нет графы «трансмиссия» или номера агрегата, это не является обязательным идентификационным признаком.
Тип КПП не влияет на идентификацию ТС (VIN, номера кузова/двигателя совпадают).
 
2. Правомерность отказа
Аргументы инспектора могут основываться на п. 4 ст. 20: несоответствие данных в документах и конструкции ТС. Однако это применимо только к критичным для идентификации параметрам (например, номер рамы).
Ваши аргументы:

ПТС не содержит сведений о коробке передач → её тип не является регистрационным параметром.
Изменение типа КПП не препятствует установлению тождественности ТС (VIN и другие номера сохранены).
 
3. Что делать?
Запросите письменный отказ с указанием нормы закона, на которую ссылается инспектор.
Подайте жалобу начальнику регистрационного подразделения, указав:

Отсутствие в ПТС данных о коробке передач.
Отсутствие нарушения ст. 20 ФЗ № 283-ФЗ (перечислите пункты).
Обратитесь в суд, если отказ не отменят. Пример: в похожем деле Ульяновский облсуд обязал ГИБДД зарегистрировать ТС, так как изменения не затрагивали идентификационные признаки.
 
4. Дополнительные нюансы
Если коробка передач была заменена законно (например, с оформлением СТС), предоставьте документы от ГИБДД о внесении изменений в конструкцию.
Если замена не оформлена, инспектор может трактовать это как незаконное изменение конструкции (ст. 12.5 КоАП). В этом случае потребуется пройти техническую экспертизу.
 
Вывод
Отказ likely незаконен, если:

ПТС не содержит данных о коробке передач.
VIN и другие идентификационные номера соответствуют документам.
Рекомендуется действовать через письменные обращения и жалобы, ссылаясь на ст. 20 ФЗ № 283-ФЗ и отсутствие норм, требующих соответствия типа КПП .

Для точного анализа полезно проверить:

Полную комплектацию авто по VIN (через официального дилера).
Были ли ранее внесены изменения в конструкцию (если да — наличие документов).