Вопрос: сын должен будет 3 года отрабатывать или нет?

Согласно п. 4 ст. 56 Федерального закона от 29.12.2012 № 273-ФЗ «Об образовании в РФ», обязательства целевика сохраняются, даже если нормативный акт, по которому заключался договор, утратил силу. Постановление Правительства РФ № 1681 от 27.10.2020 действительно отменено, но это не освобождает вашего сына от обязанности отработать 3 года у работодателя, указанного в целевом договоре.  

Если работодатель отказывается принять его на работу или ликвидирован, нужно обращаться в орган, выдавший направление (например, Минздрав, Минобрнауки), для перераспределения. В случае неисполнения обязательств без уважительных причин (ст. 56 ФЗ-273) возможно взыскание затрат на обучение в судебном порядке.  

Рекомендую проверить условия целевого договора – там должны быть прописаны сроки и порядок отработки. Если есть спорные моменты, обращайтесь в Министерство, курирующее целевую программу, или в суд для урегулирования.