Здравствуйте!
В соответствии с ч. 1 ст. 363 Налогового кодекса РФ, транспортный налог уплачивается по месту нахождения транспортного средства.
При этом местом нахождения имущества для водных транспортных средств (за исключением маломерных судов) является место государственной регистрации транспортного средства.
Поскольку гидроцикл относится к маломерным судам и вы зарегистрированы в Москве, транспортный налог будет начисляться по ставкам, действующим по месту Вашего жительства (ч. 5 ст. 83 НК РФ), то есть в городе Москве, вне зависимости от того, что сам гидроцикл находится и используется в Тверской области.