Обязательно ли предоставлять нанимателю выписку ЕГРН и паспорт и нужно ли подавать 3‑НДФЛ?

Здравствуйте
Вне зависимости от срока заключения договора аренды (полгода), полученные доходы по нему подлежат декларированию и уплате налогов. То есть такая обязанность не зависит от срока действия договора (срок договора аренды влияет только на обязанность его государственной регистрации). Соответственно ваш арендатор впоследствии сможет обратиться в налоговый орган с заявлением о неуплате вами налогов, приложив, в том числе данные по компенсации ему расходов по аренде от работодателя, иные доказательства, что может послужить основанием для налогового органа для начисления налогов с полученных вами доходов.
Как я понимаю, если договор уже заключен и действует, вас не могут обязать предоставить запрашиваемые документы (выписку ЕГРН и копию паспорта), однако, это будет не в интересах арендатора продолжать с вами взаимоотношения (ему в таком случае не компенсируют расходы). 
Отмечу, что для избежания такого рода последствий можно рассмотреть разные варианты легализации полученных доходов, в том числе путем оформления самозанятости, когда вы платите 4 процента от суммы аренды, что является незначительной налоговой нагрузкой. 
Рада ответить на Ваш вопрос!
Если мой ответ оказался вам полезен, отблагодарить можно здесь: pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4056309/
С уважением, Екатерина
 

так как его работодатель компенсирует ему съем жилья. Обязательно ли предоставлять эти документы? Не нужно будет потом собственнику подавать декларацию 3-НДФЛ?

 Это Вам решать предоставлять или нет указанные документы, если не хотите может быть найти другого арендатора. А что касается обязанности подачи декларации, то это вообще никак не связано с предоставлением документов, Вы путаете причину и следствие