По какой причине могут отказать в академическом отпуске в такой ситуации?

Здравствуйте Марина!

В данном случае, нахождение гражданина под следствием, под домашним арестом, влечёт отчисление из учебного заведения за прогулы, чтобы этого избежать вы можете взять академический отпуск. Академический отпуск предоставляется студенту, в связи с невозможностью освоения образовательной программы данного учебного учреждения, по медицинским показаниям, семейным и иным обстоятельствам на период времени, не превышающий двух лет.

Если вам требуется более подробная информация по вашему вопросу, с ссылками на законодательство РФ. Либо помощь в составлении документов. Обращайтесь в личный чат. Данная услуга платная.