Как теперь мне провести этот счет в приложении для самозанятости, ведь сумма счета и реально оплаченная сумма - не совпадают?

В вашем случае, когда вы как самозанятый выписали счет на всю сумму договора, но оплатили только 70% от этой суммы, вам нужно правильно отразить эти данные в приложении для самозанятых, чтобы правильно учесть доход и уплатить налог.

Вот как можно поступить:

Учет дохода по факту получения: В приложении для самозанятых (например, в приложении «Мой налог») доход учитывается по факту его получения, а не по моменту выписки счета. То есть вам нужно зафиксировать в приложении только ту сумму, которую вы реально получили от ООО (70% от суммы счета).
Как отразить эту сумму в приложении:

В «Мой налог» вы будете вводить фактические суммы, которые поступили на ваш счет. В вашем случае, если на сумму счета 100%, а реально поступило 70%, то вы вводите именно 70% в качестве дохода.
Сумма, которая не была оплачена, не будет отражаться в расчетах, пока вы не получите эти средства.
Составление счета и учет в приложении: Даже если счет был выставлен на всю сумму, налоговая система для самозанятых предполагает, что вы платите налог на доход, а не на выставленную сумму. Так что, в приложении вы будете видеть только те средства, которые поступили на ваш расчетный счет или наличными.
Корректировка в будущем: Когда остаток суммы будет получен, вам нужно будет учесть эти средства в следующем периоде, добавив их как доход.
Пример:
Если по договору сумма 100 000 рублей, а оплачено только 70 000 рублей, то в приложении вы отразите только 70 000 рублей как доход.
В следующем периоде, когда будут получены оставшиеся 30 000 рублей, вам нужно будет отразить эту сумму как доход.
Таким образом, с учетом фактической оплаты будет правильно учитывать налоги, и никаких проблем с налоговыми органами не возникнет.

Буду благодарен за положительный отзыв!