Ситуация следующая: в 2015 году была приобретена квартира частично за счет средств материнского капитала (частично за счет собственных средств и банковского кредита)

Здравствуйте! Да, в этой ситуации детям придется выделять долю в квартире вне зависимости от того, что обязательство было написано на предыдущую. Обязанность выделить доли детям возникла не в силу обязательства, а в силу закона, поскольку Вами не исполнено обязательство выделить доли в предыдущей квартире, Вы должны предоставить им доли в квартире которая была предоставлена в замен той, также следовало бы поступить и в случае если бы Вы продали предыдущую и купили новую.