Подскажите, как поставить на учет в России свой личный автомобиль с Украины?

Вы что-то немного поздно начали решать этот вопрос.

Вам в любом случае нужно закрывать будет временный ввоз и проходить процедуру вывода ТС в свободное обращение ( растамаживать). При этом, можно было воспользоваться льготной растаможкой как переселившихся на постоянное место жительства в РФ в силу п. 6 Приложения 3 Решения Совета Евразийской экономической комиссии от 20 декабря 2017 г. № 107 «Об отдельных вопросах, связанных с товарами для личного пользования» 

Нужно соответствовать условиям ниже:

— ввоз на таможенную территорию ЕАЭС из страны предыдущего проживания осуществляется не позднее 18 месяцев с даты выдачи документа, подтверждающего признание иностранного физического лица переселившимся на ПМЖ в государство-член ЕАЭС;

— авто-… средствам, являющиеся транспортными средствами для личного пользования, находились в собственности  и были зарегистрированы на иностранное физическое лицо, признанное переселившимся на ПМЖ в государство-член ЕАЭС или получившее статус беженца, вынужденного переселенца, в стране предыдущего проживания, не являющейся государством-членом ЕАЭС, в течение не менее 6 месяцев (в Российской Федерации установлен более жесткий срок — не менее 12 месяцев..

  — таким физическим лицом ранее не осуществлялся ввоз на таможенную территорию ЕАЭС авто — и мототранспортных средств… для личного пользования, с освобождением от уплаты таможенных пошлин, налогов в связи с признанием его переселившимся на ПМЖ в государство-член ЕАЭС.

В Вашем случае, документом, подтверждающим переселение в РФ является получение гражданства РФ и постановка на учёт по месту жительства в РФ.

Но у Вас уже прошло более 24 месяцев, поэтому в льготной растаможке ТС может быть отказано

Автомобиль зарегистрирован в Черниговской области

 Поскольку при ввозе автомобиля в Россию был оформлен временный ввоз, необходимо обратиться в таможенный орган для его закрытия.

После закрытия временного ввоза следует подать декларацию для выпуска автомобиля в свободное обращение, что предполагает уплату таможенных пошлин и налогов. 
Далее, оформление Сертификата безопасности конструкции транспортного средства (так называемый СБКТС). Этот документ подтверждает соответствие автомобиля требованиям безопасности, действующим в России. Его можно получить в аккредитованных испытательных лабораториях или центрах сертификации.

Далее, получение электронного паспорта транспортного средства. После получения СБКТС необходимо оформить ЭПТС. Это можно сделать через специализированные организации, аккредитованные для оформления электронных паспортов.
После уже шаг с регистрацией в ГИБДД. С полученными документами (СБКТС и ЭПТС) обратитесь в отделение ГИБДД для постановки автомобиля на учет и получения российских государственных регистрационных знаков.

Поскольку Черниговская область не входит в состав новых регионов РФ, на ваш случай не распространяются упрощенные процедуры регистрации, предусмотренные для жителей Донецкой и Луганской народных республик, а также Запорожской и Херсонской областей.