Могу ли я, продать долю в квартире своей маме на её мат капитал полученный ею на второго ребёнка - моего брата?

Добрый день! 

Если Ваша доля выделена, то Вы можете ей распоряжаться.

Учитывая п. 1 ст. 250 ГК РФ при продаже доли объекта недвижимости постороннему лицу остальные собственники долей имеют преимущественное право покупки этой доли по той же цене, за которую она продается, и на прочих равных условиях (п. 1 ст. 250 ГК РФ).

В Вашем случае для освобождения от налога лучше оформить договор дарения. В этом случае согласие остальных собственников не требуется.