И по упрощенной отчётности попадаю по амнистию, или нет?

Пени автоматически отменить нельзя. Их считает программа при наличии у вас неуплаты / несвоевременной уплаты налогов (ст. 75 НК РФ). Если не согласны с правомерностью их начисления – можно оспорить. Однако важно понимать наличие оснований для этого, нужно понимать в связи с чем они возникли, за какой период и т.д.). В таком случае нужно готовить мотивированное несогласие с начислением налоговым органом пени и просить исправить Ваше сальдо по ЕНС.
Налоговая амнистия сейчас предусматривается только в связи с отказом от схемы дробления бизнеса.