Добрый день!
Заявление в ИФНС о возврате переплаты по налогам и взносам можно подать, если она учтена на ЕНС и сформировала положительное сальдо счета (ст. 79 НК РФ).
Для возврата переплаты по уточненке есть дополнительное условие — на дату завершения ее камеральной проверки должно пройти не больше 3 лет со срока уплаты налога. Переплату старше 3 лет придется списать, так как инспекция не учтет ее на ЕНС (ст. 11.3 НК РФ).
Срок подачи в налоговый орган заявления для возврата «переплаты» (суммы положительного сальдо на ЕНС) в ст. 79 НК РФ не установлен. Ограничений по сроку обращения с таким заявлением нет (Письмо ФНС России от 31.01.2023 N БС-3-11/1179@).
Переплату по НДФЛ, налогу на прибыль, налогу при УСН возвращают так же, как и по другим налогам.
ИФНС вернет переплату в течение 2 рабочих дней со дня подачи заявления (ст. 79 НК РФ, Информация ФНС).
Если организация пропустила срок подачи заявления, можно обратиться в суд. При рассмотрении дела в суде срок исковой давности — 3 года будет рассчитываться по нормам гражданского, а не налогового законодательства. И отсчёт срока идёт не с момента уплаты излишней суммы, а с момента, когда организация узнала или должна была узнать об этом (п. 1 ст. 200 ГК). Но вам придется доказать, что вы узнали о переплате позже, чем она возникла. Это будет тяжело