Здравствуйте! Если при обмене старой квартиры на новую заключался договор мены, либо иной подобный договор (об изъятии для муниципальных нужд), то старая квартира должна быть оценена. Допустим, старую квартиру оценили в 1500 000р., предоставили Вам квартиру равноценную, следовательно стоимость новой квартиры по такому договору будет 1 500 000р. Таким образом, при продаже этой новой квартиры Вы имеете право на уменьшение налоговой базы на расходы в размере 1500 000р. Если квартира была оценена в 1 500 000р., но новую квартиру оценили дороже, например, в 2 000 000р., но разницу Вы не доплачивали, то стоимость новой квартиры по-прежнему — 1500 000р. Если доплата была, то стоимость новой квартиры — 2 000 000р.
Если стоимость старой квартиры вместе с доплатой по новой менее 1 000 000р., то Вам выгоднее применить вычет в размере 1 000 000р. Т.е., допустим, продаете Вы квартиру за 2 000000р., размер налогооблагаемой базы будет 1 000 000р. (2 000 000- 1000 000), налог = 130 000р.
Если уточните. что за договор был заключен и на какие суммы, можно будет более конкретно ответить на Ваш вопрос.
Не забывайте про вычет на приобретение квартиры в размере 2 000 000р., по договору мены он также возможен (если таким вычетом Вы никогда не пользовались).