Их должности в филиале "убирают" 1 октября, вводят в головное 1 октября

Здравствуйте.

Можно приказ о переводе сделать не 30 сентября, а 1 октября.

 Приказ о переводе должен быть датирован ранее самого перевода. 

Изменения к трудовому договору согласовываются сторонами до вступления их в силу.

Согласно ст. 72.1 ТК РФ перевод на другую работу — постоянное или временное изменение трудовой функции работника и (или) структурного подразделения, в котором работает работник (если структурное подразделение было указано в трудовом договоре), при продолжении работы у того же работодателя, а также перевод на работу в другую местность вместе с работодателем.

Перевод на другую работу допускается только с письменного согласия работника, за исключением случаев, предусмотренных частями второй и третьей статьи 72.2 Кодекса.

В соответствии со ст. 72 ТК РФ изменение определенных сторонами условий трудового договора, в том числе перевод на другую работу, допускается только по соглашению сторон трудового договора, за исключением случаев, предусмотренных Кодексом.

Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.