Здравствуйте, Екатерина!
Как указано в статье 45 ГК РФ:
1. Гражданин может быть объявлен судом умершим, если в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания в течение пяти лет, а если он пропал без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, — в течение шести месяцев.
Но при этом там же сказано, что:
2. Военнослужащий или иной гражданин, пропавший без вести в связи с военными действиями, может быть объявлен судом умершим не ранее чем по истечении двух лет со дня окончания военных действий.
Поэтому решение суда зависит от конкретных обстоятельства, установленных судом на основании представленных доказательств.
В Вашем случае можно предположить, что представленной справки об обстоятельствах пропажи суду оказалось недостаточно, чтобы признать бывшего супруга погибшим.