Как "принудить" подписать акт по этапу 1 и Приложение к договору по итогу этапа 1?

Здравствуйте, Сергей! 

Обо всем по порядку. 

1. Какие действия мне предпринять в связи со сменой гендира? Нужно ли предлагать подписать доп.соглашение к договору о смене подписанта? Как быть с актом по этапу 1, ведь этап выполнялся при старом гендире?

Если заказчиком выступает ООО, то совершенно не важно сменился у них директор или нет. Смена ген. директора никак не влияет на обязанности ООО по договору и не влечет необходимости подписывать какие-либо доп. соглашения к договору (если, конечно, стороны не договаривались об изменении каких-либо условий заключенного ранее договора).

2. Как «принудить» подписать акт по этапу 1 и Приложение к договору по итогу этапа 1?

Тут нужно смотреть условия имеющегося у Вас договора. Как правило указывается, что при уклонении заказчика от подписания акта или при отсутствии письменных мотивированных замечаний, работа (услуга) считается выполненной подрядчиком (исполнителем). 

При этом, согласно ч. 1 ст. 720 ГК РФ 

Заказчик обязан в сроки и в порядке, которые предусмотрены договором подряда, с участием подрядчика осмотреть и принять выполненную работу (ее результат), а при обнаружении отступлений от договора, ухудшающих результат работы, или иных недостатков в работе немедленно заявить об этом подрядчику.

Соответственно, если фактически работа по данному этапу была выполнена и все недостатки, на которые указал заказчик, были устранены, Вы вправе направить заказчику подписанный со своей стороны акт, а также письменное требование о подписании акта со стороны заказчика. В противном случае, при немотивированном уклонении заказчика от подписания акта и принятия качественно выполненной работы, Вы вправе будете ссылаться на то, что работа в этой части выполнена и, соответственно, подлежит оплате.

3. Как документально подстраховаться, если вдруг дойдем до конфликта и они решат требовать возврат денег по этапам 1 и 2? Ведь работа проделана, возвращать ничего не хочу.

Тут нужно смотреть какой у Вас по договору предусмотрен порядок передачи результата выполненных работ. Соответственно, передачу каждого этапа нужно зафиксировать. Например, если передавали путем отправки в электронном виде, то можно обратиться к соответствующим специалистам, которые заверяют электронные доказательства. 
Кроме того, Вы можете направить в адрес заказчика официальное письмо с указанием на выполнение Вами работ по указанным этапам и с требованием о подписании актов выполненных работ по данным этапам. 

Здравствуйте.

1. 

Какие действия мне предпринять в связи со сменой гендира? Нужно ли предлагать подписать доп.соглашение к договору о смене подписанта?

 Вам не нужно предпринимать каких-либо действий из-за смены руководителя Вашего контрагента. Вы заключили договор и ведете работу с юридическим лицом, а не с генеральным директором. Генеральный директор просто представляет интересы организации, являясь ее единоличным исполнительным органом. 

Так что для организации ничего не изменилось и она обязана руководствоваться положениями заключенного с Вами договора.

Односторонний отказ от исполнения обязательства и одностороннее изменение его условий не допускаются, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами или иными правовыми актами.

Статья 310 ГК РФ. 

Единственное, что здесь нужно учитывать: теоретически договор может содержать другую логику и позволять отказываться от исполнения договора, если Вы участвуете в этом договоре как предриниматель, 

Одностороннее изменение условий обязательства, связанного с осуществлением всеми его сторонами предпринимательской деятельности, или односторонний отказ от исполнения этого обязательства допускается в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами, иными правовыми актами или договором.

Та же статья.

2. Собственно, второй важный момент как раз связан с тем, на чем я закончил первый пункт, и он заключается в том, что дать полноценный анализ ситуации, не видя договора, невозможно. 

В нем, по сути, могут быть ответы практически на все Ваши вопросы, именно для этого договор и заключается. 

Условия договора определяются по усмотрению сторон, кроме случаев, когда содержание соответствующего условия предписано законом или иными правовыми актами (статья 422).

Статья 421 ГК РФ. 

3.

Как быть с актом по этапу 1, ведь этап выполнялся при старом гендире?

 Как сказал выше, ничего не делать. Он действует и Вы вправе требовать от нового директора не предъявлять Вам никаких претензий и руководствоваться всеми ранее согласованными актами сторон.

4.

Как «принудить» подписать акт по этапу 1 и Приложение к договору по итогу этапа 1?

 Принудить Вы не сможете. А вот что происходит в случае неподписания приложения — зависит от положений договора. 

5. 

Как документально подстраховаться, если вдруг дойдем до конфликта и они решат требовать возврат денег по этапам 1 и 2? Ведь работа проделана, возвращать ничего не хочу.

Во-первых, старайтесь фиксировать все необоснованные претензии со стороны нового руководителя. Вплоть до записей разговоров и скриншотов переписок. С Вашей стороны каких-то особых действий не требуется, Вас ведь текущая ситуация (в части оплаты) устраивает. А вот контрагент, если он захочет продолжать спорить, должен будет обращаться в суд и последнему уже надлежит руководствоваться договором и законодательством. 

И, разумеется, если дело дойдет до суда, определяющим может стать вопрос о качестве оказанных услуг. 

Добрый день, Сергей, г. Реутов!

Заключил договор с компанией на разработку сайта (договор возмездного оказания услуг)

В договоре прописаны этапы разработки (всего четыре). По каждому предусмотрена предоплата.

Договор заключен на законном основании в соответствии со ст.779 ГК РФ.

В соответствии со ст.309 ГК РФ обязательства должны выполняться надлежащим образом в соответствии с условиями договора.

Со своей стороны Ваши обязательства выполнены, замечания своевременно исправлены, недостатки устранены.

В соответствии со ст.783 ГК РФ общие положения о подряде применяются к договорам оказания возмездных услуг по ст.779 ГК РФ.

Заказчик должен принять работу. Или указать на недостатки, которые нужно исправить, что Вами и сделано.

Проплаченную предварительную оплату Вы вправе зачесть в оплату по договору, по соответствующему этапу. Направьте об этом письмо Заказчику.

Смена руководителя не влияет на ход выполнения обязательств по договору. Договор заключен с юридическим лицом, а не с ген.директором.