Но тогда получиться в базе что я нахожусь там и не выезжал как россиянин?

Роман, добрый день.

При получении  гражданства Киргизии выезжать из нее Вы должны уже будете по паспорту Киргизии.

В силу ст. 39  Закона Кыргызской Республики от 17 июля 2000 года № 61 О внешней миграции

Каждый гражданин Кыргызской Республики имеет право на выезд из Кыргызской Республики и въезд в Кыргызскую Республику. Гражданин Кыргызской Республики не может быть лишен права на выезд из Кыргызской Республики. Право на выезд из Кыргызской Республики может быть временно ограничено в соответствии со статьей 46 настоящего Закона.

Гражданин Кыргызской Республики не может быть лишен права на въезд в Кыргызскую Республику.

Граждане Кыргызской Республики выезжают из Кыргызской Республики через пункты пропуска на государственной границе, открытые для международного сообщения, по действительным документам и заменяющим их документам на основании вступивших в установленном законом порядке в силу международных договоров, участницей которых является Кыргызская Республика.

К числу действительных документов в силу ст. 1 Закона Кыргызской Республики от 16 мая 2015 года № 98 О Государственной границе Кыргызской Республики отнесен документ, удостоверяющий личность и подтверждающий статус лица, выезжающего за границу, все части и реквизиты которого соответствуют установленным компетентными органами выдавшего его государства образцам, который надлежащим образом оформлен правомочными на то органами, не просрочен, принадлежит предъявителю и не имеет подделок.

К их числу отнесены

1) общегражданский паспорт гражданина Кыргызской Республики;

2) дипломатический паспорт;

3) служебный паспорт;

4) свидетельство на возвращение.

Поэтому как гражданин Киргизии выезд из нее предполагается на основании одного из указанных документов.

И тут Вы с учетом ст. 6 Закона Кыргызской Республики от 21 мая 2007 года № 70 О гражданстве Кыргызской Республики рассматривается Кыргызской Республикой только как гражданин Кыргызской Республикки.

В связи с чем и обусловлено требование о выезде из Киргизии на основании документов гражданина Киргизии. 

В свою очередь, поскольку у Вас есть гражданство РФ, то в силу ст. 6 ФЗ от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию»

въезжать в РФ Вы уже должны по действительным документам гражданина РФ.