Здравствуйте,
Да, перечисление средств мат капитала именно так и происходит.
В ДКП будет указано, что часть средств перечисляется за счёт заемных денежных средств, а часть за счёт средств маткапитала.
Вероятнее всего, изначально, они хотели использовать маткапитал как первоначальный взнос в Банк. Но Банк не дал согласие ( по крайней мере я так понимаю с Ваших слов), поэтому сумма маткапитала будет Вам перечислена ФСР.
6. Средства (часть средств) материнского (семейного) капитала могут направляться на уплату первоначального взноса...
Сначала происходит переход права собственности на Покупателя (регистрация в Росреестре), затем Покупатель подает документы в СФР, СФР перечисляет Продавцу денежные средства.
В силу ст. 10 ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ
… лицо, получившее государственный сертификат на материнский капитал, вправе использовать его на приобретение (строительство) жилого помещения, осуществляемое гражданами посредством совершения любых не противоречащих закону сделок и участия в обязательствах (включая участие в долевом строительстве многоквартирного дома, в жилищных, жилищно-строительных и жилищных накопительных кооперативах), путем безналичного перечисления указанных средств организации, осуществляющей отчуждение (строительство) приобретаемого (строящегося) жилого помещения, либо физическому лицу, осуществляющему отчуждение приобретаемого жилого помещения, либо организации, в том числе кредитной, предоставившей по кредитному договору (договору займа) денежные средства на указанные цели.