Как товар ИП или ОС в деятельность не включала

При продаже жилой квартиры подходят варианты налогообложения: 1) 0 от 13%, как физ лицо, после 5 лет.

 Добрый день! Такой вариант подойдет если на момент продажи будет прекращено ИП и применение УСН, в противном случае доход от продажи такой квартиры (если доходы от аренды отражались в отчетности по УСН) подлежат отнесению на УСН ( п. 3 ст. 346.11 НК РФ)

4) 5% УСН от разницы покупки-продажи.

 А какой у Вас объект на УСН? Если доход-расход там в любом случае порядок учета расходов на УСН иной, фактически это ОС т.к. использовалось в ПД ИП, в этом случае при продаже ранее 10 лет можно учесть амортизацию, но не расходы на приобретение ( п. 3 ст. 346.16 НК РФ).  Если сведения о сдаче в аренду в рамках УСН налоговая не располагает можно попробовать провести через ОСНО, в данном случае не отражая доход в декларации на основании ст. 217 НК РФ и п. 4 ст. 229 НК РФ).

При продаже жилой квартиры подходят варианты налогообложения:
1) 0 от 13%, как физ лицо, после 5 лет.
2) 13% от разницы покупки-продажи
3) 5% УСН от суммы покупки
4) 5% УСН от разницы покупки-продажи.
5) другой вариант

 Здравствуйте.

Учитывая, что квартира использовалась в предпринимательской деятельности и Вы добавляли соответствующий ОКВЭД, то в любом случае речь может идти о том, что продажа квартиры пойдет по налогообложению ИП. Для того, чтобы этого избежать придется закрыть ИП и не использовать квартиру в предпринимательской деятельности (либо сдавать ее как самозанятый). Следовательно, возможность воспользоваться льготами по п. п. 1 п. 1 ст. 220 или п. 17.1 ст. 217 НК РФ отсутствует, и сумму от продажи недвижимости наобходимо включить в налоговую базу для уплаты налога по УСН. Такие разъяснения дает  Минфин РФ в письмах от 28.03.2014 № 03-11-11/13850, от 29.04.2013 № 03-11-11/15091, от 21.01.2013 № 03-11-11/15.

Поскольку у Вас УСН доходы минус расходы, то учет расходов производится через амортизацию, а не через расходы на приобретение этой квартиры.