Что в данной ситуации можно сделать?

Добрый день.

Я так понимаю у вас заключен договор транспортной экспедиции. Не имея на руках вашего договора могу сообщить, что согласно абз. 2 ч. 1 ст. 801 ГК РФ: Договором транспортной экспедиции могут быть предусмотрены обязанности экспедитора организовать перевозку груза транспортом и по маршруту, избранными экспедитором или клиентом, обязанность экспедитора заключить от имени клиента или от своего имени договор (договоры) перевозки груза, обеспечить отправку и получение груза, а также другие обязанности, связанные с перевозкой.

Согласно ч. 2 ст. 3 Федеральный закон от 30.06.2003 N 87-ФЗ «О транспортно-экспедиционной деятельности»: В случае, если договором транспортной экспедиции не предусмотрено иное, экспедитор вправе выбирать или изменять вид транспорта, маршрут перевозки груза, последовательность перевозки груза различными видами транспорта исходя из интересов клиента. При этом экспедитор обязан незамедлительно уведомлять клиента в порядке, определенном договором, о произведенных в соответствии с настоящим пунктом изменениях.

Согласно ч. 6 ст. 3 того же закона: Клиент имеет право: 
--выбирать маршрут следования груза и вид транспорта; 
--требовать у экспедитора, если это предусмотрено договором транспортной экспедиции, предоставления информации о процессе перевозки груза; 
--давать указания экспедитору в соответствии с договором транспортной экспедиции.

Согласно п. 15 Правил транспортно-экспедиционной деятельности: По требованию клиента экспедитор представляет ему следующую информацию:

--перечень транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых экспедитором, и их стоимость;

--сведения о форме и порядке оплаты транспортно-экспедиционных услуг;

--сведения о тарифах на перевозку грузов различными видами транспорта, о правилах и об условиях выполнения таких перевозок;

--другие сведения, относящиеся к организации и осуществлению перевозки конкретных видов груза различными видами транспорта.

Пункт 17 там же: Экспедитор при оказании определенных договором транспортной экспедиции транспортно-экспедиционных услуг обязан следовать указаниям клиента. 
Экспедитор вправе отступать от указаний клиента только в случае, если это необходимо в интересах клиента или если экспедитор по независящим от него обстоятельствам не смог предварительно запросить клиента в порядке, определенном договором транспортной экспедиции, о его согласии на такое отступление либо получить в течение суток со дня уведомления клиента ответ на свой запрос.

Вывод: Вам следует ознакомиться с условиями договора описывающими порядок вашего взаимодействия с экспедитором в процессе перевозки, а именно какой указан вид связи с клиентом (посредством телефонной связи, что маловероятно, либо иным путем, скорее это через электронную почту должно осуществляться) и порядок такой связи.. 

Они должны были уведомить вас о примерных расходах до осуществления мер приведших к этим расходам. 

Ваши действия:

1. Ознакомившись с текстом своего договора и удостоверившись что он был нарушен с их стороны, вы пишите им вашу претензию (в 2-х экземплярах) об отказе оплачивать стоимость оказанных слуг свыше оговоренных в договоре. Сдаете один экземпляр в их секретариат а на втором экземпляре они должны проставить штемпель что приняли его с указанием даты и входного номера.

2. Далее ждете 30 дней ответа на вашу претензию. 

3. Если ответ отрицательный для вас с указанием на условия договора и (или) нормы законодательства вы имеете права и вынуждены обратиться в суд.

Скорее всего вам придется с ними судиться.