Получается он состоит на учете в двух военкоматах?

При первичной постановке на воинский учет в отношении него должны были завести личное дело призывника.

Оно ведется в одном экземпляре и находится по месту воинского учета.

В силу Приказа Министра обороны РФ от 22.11.2021 N 700 «Об утверждении Инструкции об организации работы по обеспечению функционирования системы воинского учета»

26. Карта первичного воинского учета призывника в органе местного самоуправления заводится на гражданина при его первоначальной постановке на воинский учет (постановке на воинский учет при перемене места жительства за пределами муниципальных образований, в которых отсутствуют военные комиссариаты)и ведется должностным лицом органа местного самоуправления, ответственным за ведение воинского учета (далее — военно-учетный работник).

Указанная карта, отражает сведения о перемещении призывника и изменении им места воинского учета.

Заведение такой карты, если он не обращался лично в военкомат г. Москвы, не представлялось возможным.

Присылать повестки они могут лишь получив данные от органов домоуправления по месту жительства.

Для исключения направления им повесток в г. Москве, путь обратиться в военкомат по месту пребывания о выдаче ему сведений о его нахождении на воинском учете, которые Вы передадите в военкомат г. Москвы.

Если повестки будут присылать повторно обращаетесь с жалобой в прокуратуру по факту нарушения военкоматом порядка ведения воинского учета.