Здравствуйте, Екатерина!
Отцу детей в данном случае доля не может быть выделена.
В соответствии с п. 4 ст. 10 Федерального закона от 29.12.2006 N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»
4. Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.
То есть, в Законе говорится именно о супруге лица, получившего сертификат.
Если отец детей не состоит в браке с матерью общих детей, то включение его в число собственников жилого помещения, приобретаемого за счет средств материнского (семейного) капитала, неправомерно (Определение Верховного Суда РФ от 31.01.2017 N 24-КГ16-22).